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原名源自18世紀以前台灣西南之潟湖台江內海，唯潟湖在18世紀中葉以後逐漸陸化，潟湖外側的鯤鯓（即沙洲）亦與陸地連為一體，僅餘四草湖、鯤鯓湖與若干濕地等遺蹟，成為重要生物棲息區。另外，台江亦為歷史上數起關鍵事件發生地；例如鄭成功由鹿耳門水道進入內海，出其不意攻擊更早在此殖民的荷蘭人，使臺灣發展為漢人優勢社會。 有別與其他國家公園由中央政府主導，台江國家公園係由地方政府（臺南市政府）率先發起。最初構想由臺南市第14、15任臺南市市長許添財（2001－2010年）在競選時提出之政見，當選後即積極推動，並獲中央政府支持。在多次確認範圍後除增加臺灣海峽海域部份外，亦聯合臺南縣政府（當時縣、市尚未合併）將鄰近之七股鄉一併納入並擬名台江黑水溝國家公園（「黑水溝」為臺灣海峽之俗稱）。2009年6月29日，內政部通過計畫，為便於國際行銷，確立以台江為名[2]。正巧同日，也是臺南縣市合併改制直轄市審議通過，在當時被認為是臺南的「雙喜臨門」[3]；同年10月15日，台江國家公園公告計畫[4][5]12月28日，正式成立。台江國家公園管理處在新行政中心完工前暫設於安平港，2016年1月13日行政中心正式啟用 。 在台江國家公園成立前，曾規劃四草野生動物保護區（1994年11月30日成立）、雲嘉南濱海國家風景區等加以管理。後者組織今日尚存，但部份區域轉交台江國家公園管理；而2014年6月臺灣第9座國家公園澎湖南方四島國家公園成立後，東吉嶼與周邊海域將劃入該國家公園管理。