鄭成功在金門集結兵力,前往澎湖蒔內嶼停靠,收刮糧食,但因為糧食不足以提供大軍食用,所以直接在風浪強大的黑夜裡趕至台灣本島。鄭成功率將士25,000(一說11,700)、戰船數百艘(一說300艘),在金門料羅灣集結,次日抵澎湖蒔內嶼,等待順風出發。3天後鄭軍跨越黑水溝,到了柑桔嶼(今東吉嶼與西吉嶼)遇逆風折回。 因何斌曾表示只需過幾天就到台灣,鄭軍未攜帶足夠糧食,搜索澎湖諸島後只得百餘石,不足大軍一餐之用。鄭成功擔心錯過漲潮時機,將會受困於此,在4月29日(三月卅日)晚上,冒著風雨大浪下令出航,眾將懇求等待風浪漸緩,鄭成功執意啟航,初時風雨稍間但海浪仍大極為驚險,至半夜雲收雨散、浪漸平歇、天氣明朗、順風航行。